El Centro de Estudios Mudéjares fue creado en 1993 para dar garantía de continuidad a la labor realizada por el Instituto de Estudios Turolenses durante muchos años dirigida a fomentar el conocimiento del mundo mudéjar y morisco, tanto de la propia Comunidad Autónoma de Aragón como del resto de España. Su génesis supuso un largo proceso desde que en el II Simposio Internacional de Mudejarismo, celebrado en Teruel en 1982, se acordó la necesidad de contar con un organismo permanente que convirtiera a la ciudad en sede científica de los estudios sobre los mudéjares y los moriscos, y sobre el arte mudéjar. Desde el Instituto de Estudios Turolenses se trabajó en este proyecto que, por distintos motivos, no se hizo realidad hasta hace diez años.

El Centro de Estudios Mudéjares, aunque tiene personalidad jurídica propia, funciona adscrito al IET, razón por la cual en esta memoria se incorpora toda la actividad anterior a su creación referida a la promoción de la investigación, estudio y difusión del fenómeno mudéjar y morisco.

Las actividades específicas del Centro son: organizar cada tres años el Simposio Internacional de Mudejarismo, publicar trabajos dentro de la revista Sharq al-Ándalus. Estudios Mudéjares y Moriscos y en la serie Estudios Mudéjares, estimular la investigación mediante la concesión de ayudas económicas, crear un Centro de Documentación Mudejarista y organizar cursos con reconocimiento académico. Paralelamente a esta actividad científica de alta cultura no se descuidan las tareas de divulgación, acercando el mundo mudéjar y morisco en sus múltiples facetas de forma accesible y amena, además de rigurosa, al público en general mediante otras iniciativas culturales.

El CEM es una institución promovida por la Diputación Provincial de Teruel, el Ayuntamiento de Teruel y el Gobierno de Aragón.